Çocuk İmmünoloji ve Alerji Bölümü, 0-18 yaş aralığındaki çocukların immünolojik yani bağışıklık sistemi ve alerjik hastalıkların tanı, tedavi ve takibi ile ilgilenen uzmanlık dalıdır. Pek çok farklı hastalığın yanı sıra kemik iliği ve kök hücre nakil merkezi ile birlikte çalışarak, nakil öncesi immünolojik testleri ve HLA tiplendirilmeleri de bu bölüm hekimlerince yapılır. Buna paralel olarak uluslararası düzeyde, solid organ transplantasyonları için gerekli olan HLA tiplendirmeleri, lenfosit cross-match analizleri ve en güncel metotların kullanıldığı immünolojik testler de bu bölüm hekimlerince uygulanır. Toplumu derinden etkileyebilecek bulaşıcı salgın hastalıkların engellenmesi de çocuk immünoloji ve alerji bölümü hekimlerinin görev tanımları arasında yer almaktadır. Çocuk immünolojisi ve alerji hastalıkları hekimleri, 6 yıl tıp fakültesi, 4 yıl çocuk sağlığı ve hastalıkları uzmanlığı ve 3 yıl da çocuk immünolojisi ve alerji hastalıkları bölümünde ihtisas yaparlar.